В период наиболее активного снеготаяния паводковые воды использовались для заполнения подготовленного к эксплуатации дополнительного участка нижнего бассейна.
Оборудование и гидротехнические сооружения ГЭС были подготовлены к пропуску талых вод, в период половодья обеспечена круглосуточная работа водолазной станции, спасательного поста и плавсредств. Были предприняты меры к недопущению присутствия посторонних лиц в акваториях верхнего и нижнего бассейнов ГАЭС. Осуществлялся постоянный контроль за пропуском паводковых  вод через верховую плотину.
Своевременно были очищены от снега оголовки водопропускных труб, водоотводные лотки, дренажные канавы. Подтопления территории станционного узла, каких-либо сооружений не было.
На станции были сформированы аварийные бригады, проводился ежесуточный осмотр гидротехнических сооружений и мониторинг изменений гидрометеорологической обстановки.
Паводковая комиссия станции осуществляла взаимодействие с подразделениями Минприроды и МЧС региона в части  ликвидации нештатных ситуаций.
Проводились регулярные наблюдения за прохождением весеннего паводка на р. Кунье в створе водослива нижнего бассейна Загорской ГАЭС.  Измерения расхода воды реки производились в период с 24 марта по 27 апреля 2010 г. Максимальный расход воды был зафиксирован 1 апреля 2010 г. и составил 16,29 м3/с.
Рекордный расход воды в период паводка за всю двадцатилетнюю работу гидроаккумулирующей станции был зарегистрирован в 1995 году. Он составил 25 кубометров воды в секунду. Для сравнения — обычный (меженный) расход в «предпаводковый» период составляет всего 1,3-1,5 м3/с.